V případě že daný lék nemá v číselníku uvedenou sílu, formu nebo balení, tak je potřeba daný element vůbec neuvádět při zakládání eReceptu. Ze standardně zadávané čtveřice údajů se pak stává trojice. Tato výjimka musí být implementována v SW pro lékaře jeho dodavatelem a samotný lékař ji při užívání SW a výběru léčiva ze seznamu není schopen ovlivnit.
K odeslání SMS i emailu dojde do jedné minuty. Doručení u SMS je otázkou operátora, kterého pacient používá. U emailů může dojít k delší prodlevě doručení emailu na straně jeho poskytovatele emailu. S ohledem na to, že email obsahuje průvodku v podobě šifrovaného PDF, může být emailová notifikace vyhodnocena poskytovatelem emailu pacienta jako spam a pacient ji nalezne ve své schránce ve složce pro nevyžádanou poštu. Tento fakt nemůže SÚKL ze své strany ovlivnit.
Zaslání identifikátoru eReceptu zajišťuje IS eRecept, nikoli SW na straně lékaře nebo stomatologa. Tento SW musí mít nainstalovaný modul pro komunikaci s CÚER a zároveň musí podporovat všechny funkcionality, které IS eRecept umožňuje. Odeslání emailu pacientovi je pak pouze označení cesty předání a zadání/potvrzení emailu, na který má být identifikátor doručen. Existují nicméně také SW, které odesílají vlastní emaily či SMS z účtu lékaře. Je proto nutné ověřit u dodavatele SW, jak je daný SW nastaven.
IS eRecept přiděluje identifikátor eReceptu, jakmile SW lékaře prostřednictvím webové služby takovou žádost zašle. Vytvořený eRecept je jednoznačně identifikován a uložen do CÚER s tímto identifikátorem a rozhodně není třeba nic tisknout, aby byl tento identifikátor znám. Identifikátor eReceptu není znám před odesláním eReceptu do CÚER.
Existují celkem 4 cesty předání identifikátoru pacientovi zajišťované ze strany IS eRecept. Vytištěná průvodka eReceptu, zaslání emailu s průvodkou eReceptu jako přílohou ve formátu pdf zašifrovaném číslem pojištěnce pacienta (odeslání zajišťuje IS eRecept), zaslání identifikátoru eReceptu prostřednictvím SMS (zajišťuje IS eRecept zdarma) nebo využití webové či mobilní aplikace pacienta, který se jejím prostřednictvím může podívat na veškeré své vystavené eRecepty. Volba způsobu předání identifikátoru je na úvaze pacienta.
Pro lékaře předepisující ad usum proprium je dostupná webová aplikace, prostřednictvím které je možné eRecepty vystavovat. Tato aplikace je přístupná na webové adrese https://system.erecept.sukl.cz. Aplikace je k dispozici zdarma, lékař však musí disponovat přístupovými údaji k systému eRecept a osobním kvalifikovaný certifikátem, který je zapotřebí při aktivních operacích (předepisování/oprava/storno eReceptů a ePoukazů).
CÚER podporuje rozlišení úhrady pacientem nebo zdravotní pojišťovnou (základní či zvýšená úhrada). Konkrétní způsob zadání této položky záleží na daném SW předepisujícího lékaře. U vojáků (pojištěných u VoZP) dále je možné vyžadovat úhradu doplatku léčiva armádou přes VoZP.
Tato chyba může být v některých případech způsobena chybným zadáním adresy pacienta v SW lékaře. Obvyklou chybou je zejména doplňující text v poli pro číslo popisné v adrese pacienta. Například místo „123“ je uvedeno „123 – zvonek č.4“ nebo „123/4“ (sloučení čísla popisného a orientačního do jednoho pole). To však není z hlediska CÚER akceptovatelné jako číslo popisné, které musí být čistě numerickou hodnotou bez přílepků. Podobně je nezbytné uvést v adrese název obce a PSČ a tyto hodnoty tedy musí být vyplněny v SW lékaře.
Z pohledu IS eRecept je název ulice v adrese nepovinný údaj. V tomto případě uvedete název obce, číslo popisné či evidenční a PSČ. V případě že váš SW vyžaduje uvedení ulice v adrese pacienta, musíte se obrátit na dodavatele svého SW. Občas se stává, že SW lékaře posílá název ulice o nulové délce namísto jeho úplné absence u obcí bez názvů ulic, což vede k chybě.
Od 1.1.2022 dochází ke změně legislativy a recepty s modrým pruhem je povinné předepisovat elektronicky. Listinná podoba bude zachovaná pouze při zákonem daných výjimkách. SÚKL je povinen se řídit platnou legislativou.